Osnova sekce


    • Párové a mnohonásobné porovnání proteinových sekvencí - (multiple)alignment

      Porovnávání sekvencí probíhá podobně na bázi substitučních matic, které přiřazují odlišným aminokyselinám určité skóre, na němž je v součtu posouzena kvalita porovnání a podobnost sekvencí. Při zavádění mezer je připočítáváno skóre za vytvořenou mezeru, případně její prodloužení.

      Párové globální porovnání: Needle (porovnává dvě sekvence v celé délce)

      Párové lokální porovnání: LALING (nalezne a porovná více oblastí dvou sekvencí)

      Další nabídka programů pro párové porovnávání zde.

      Multalin (přehledný barevný vystup)

      Clustal Omega (možnost exportu pro tvorbu evolučních stromů)

      Vykreslení fylogenetického stromu z "Newick" formátu zde.

      Další možnosti: NCBI/COBALT

      Pokročilejší fylogenetické porovnávání zde.

    • Ukázka porovnání dvou sekvencí globální (Needle) a lokální (LALING) Stránka

    • 3-D Strukturní databáze

      PDB (Protein Data Bank)

    • Další zajímavé databáze:

      multifunkční proteiny (moondb), fosforylace (PhosphoSite), enzymová databáze (Brenda), interakce proteinů (STRING)

    • Opakování - příklady:

      sekvence peptidu:

      VTNLFILNLAISDLLVGIFCMPITLLDNIIAGWPFGNTMCKISGLVQGISVAASVFTLVA
IAVDRFQCVVYPFKPKLTIKTAFVIIMIIWVLAITIMSPSAVMLHVQEEKYYRVRLNSQN
KTSPVYWCREDWPNQEMRKIYTTVLFANIYLAPLSLIVIMYGRIGISLFRAAVPHTGRKN
QEQWHVVSRKKQKIIKMLLIVALLFILSWLPLWTLMMLSDYADLSPNELQIINIYIYPFA
HWLAFGNSSVNPIIYGFFNENFRRGFQEAFQLQLCQKRAKPMEAYALKAKSHVLINTSNQ

    • Studenti musí
      Označit jako hotovo

      Př1: Vyhledejte v databázi NCBI sekvence těchto dvou lidských enzymů DHRS7B (AAH09679.1) a DHRS7C (AAI47025.1) a proveďte párové porovnání. Jaká je identita těchto dvou proteinů? Nápověda. Řešení.

    • Studenti musí
      Označit jako hotovo

      Př2: Stáhněte si z Uniprot databáze tři sekvence isoforem lidské NQO1 a porovnejte je. Odpovídá vaše porovnání popisu jednotlivých isoforem? Nápověda. Řešení.

    • Studenti musí
      Označit jako hotovo

      Př3: Pomocí proteomických nástrojů předpovězte fyzikálně-chemické vlastnosti sulfotransferasy (sulfotransferase) z krevničky střevní (Schistosoma mansoni). Nápověda. Řešení.

    • Studenti musí
      Označit jako hotovo

      Př4: Stáhněte si sekvenci "neznámého proteinu"(zde). Pomocí predikce domén určete o jakou sekvenci by se mohlo jednat. Ověřte tuto skutečnost pomocí programu BLAST. Z jakého organismu tato sekvence pochází? Obsahuje nějaké transmembránové úseky? Nápověda. Řešení.

    • neznámá sekvence Stránka
    • Procvičování-starší varianty Soubor
    • shrnutí Soubor
    • Přednáška 4 - pdf Soubor
    • DÚ4: Porovnávání proteinů, 3D struktura Úkol
      Studenti musí
      Označit jako hotovo