Analýza vlastností proteinových sekvencí

Predikce štěpení proteasami

PeptideCutter je nástroj, který umožňuje simulovat štěpení proteinu vybranými proteasami.

Sekundární struktura proteinových sekvencí

CATH Databáze proteinů podle sekundárních struktur

Terciární struktura proteinových sekvencí

Hledání známých motivů a domén

Prohledávání databází obsahující typické sekvence/motivy, které vytváří určité strukturní motivy nebo domény. Program porovná všechny známé motivy zda se neobjevují s významnou shodou i v zadané sekvenci (příp. ID). 

Na základě "architektury" proteinu lze předpovědět jeho funkci nebo identifikovat významné pozice (aminokyseliny), které jsou důležité pro katalytickou aktivitu apod.

Zde jsou odkazy na různé nástroje a databáze:

NCBI/CD

SMART (umožňuje zvlášť identifikaci signálních peptidů)

EMBL/InterPro

(nepodporovaná Pfam)

Hledání signálních peptidů

Na základě sekvence proteinu lze předpovědět jeho lokalizaci, díky rozpoznání signálního peptidu na N-konci proteinu.

SignalP 

SMART (umožňuje zvlášť identifikaci signálních peptidů)

Predikce transmembránových úseků

Pro předpověď zda daný protein obsahuje transmembránové úseky existuje mnoho různých programů. Všechny vypočítávájí nejdříve profil hydrofobicity aminokyselin v dané sekvenci a poté s určitou pravděpodobností předpoví možné transmembránové úseky.

profil hydrofobicity: Expasy/ProtScale

predikce transmembránových úseků: TMHMM, Phobius,

 CCTOP, TopCons (oba kombinují výstup z více programů, odliší signální peptid)

tvorba obrázků: PROTTER

Hledání podobných proteinů

BLAST  (Basic Local Alignment Search Tool)

Hledá podobné sekvence z vybraných databáze pomocí krátkých "slov“ (sekvencí vytvořených ze zadané sekvence), s využitím „substituční matice“, která udává míru rozdílnosti aminokyselin v porovnávaných pozicích v zadané sekvenci a vyhledané sekvenci

NCBI/BLAST  návod použití (anglicky)

UniProtKB/BLAST