Párové a mnohonásobné porovnání proteinových sekvencí - (multiple)alignment
Porovnávání sekvencí probíhá podobně na bázi substitučních matic, které přiřazují odlišným aminokyselinám určité skóre, na němž je v součtu posouzena kvalita porovnání a podobnost sekvencí. Při zavádění mezer je připočítáváno skóre za vytvořenou mezeru, případně její prodloužení.
Párové globální porovnání: Needle (porovnává dvě sekvence v celé délce)
Párové lokální porovnání: LALING (nalezne a porovná více oblastí dvou sekvencí)
Další nabídka programů pro párové porovnávání zde.
Multalin (přehledný barevný vystup)
Clustal Omega (možnost exportu pro tvorbu evolučních stromů)
Vykreslení fylogenetického stromu z "Newick" formátu zde.
Další možnosti: NCBI/COBALT
Pokročilejší fylogenetické porovnávání zde.