Párové a mnohonásobné porovnání proteinových sekvencí - (multiple)alignment
Porovnávání sekvencí probíhá podobně na bázi substitučních matic, které přiřazují odlišným aminokyselinám určité skóre, na němž je v součtu posouzena kvalita porovnání a podobnost sekvencí. Při zavádění mezer je připočítáváno skóre za vytvořenou mezeru, případně její prodloužení.
Párové globální porovnání: Needle (porovnává dvě sekvence v celé délce)
Párové lokální porovnání: LALING (nalezne a porovná více oblastí dvou sekvencí)
Další nabídka programů pro párové porovnávání zde.
Př1: Vyhledejte v databázi NCBI sekvence těchto dvou lidských enzymů DHRS7B (AAH09679.1) a DHRS7C (AAI47025.1) a proveďte párové porovnání. Jaká je identita těchto dvou proteinů? Nápověda. Řešení.
Students must
Mark as done
Př2: Stáhněte si z Uniprot databáze tři sekvence isoforem lidské NQO1 a porovnejte je. Odpovídá vaše porovnání popisu jednotlivých isoforem? Nápověda. Řešení.
Students must
Mark as done
Př3: Pomocí proteomických nástrojů předpovězte fyzikálně-chemické vlastnosti sulfotransferasy (sulfotransferase) z krevničky střevní (Schistosoma mansoni). Nápověda.Řešení.
Students must
Mark as done
Př4: Stáhněte si sekvenci "neznámého proteinu"(zde). Pomocí predikce domén určete o jakou sekvenci by se mohlo jednat. Ověřte tuto skutečnost pomocí programu BLAST. Z jakého organismu tato sekvence pochází? Obsahuje nějaké transmembránové úseky? Nápověda. Řešení.