Hledání známých motivů a domén

Prohledávání databází obsahující typické sekvence/motivy, které vytváří určité strukturní motivy nebo domény. Program porovná všechny známé motivy zda se neobjevují s významnou shodou i v zadané sekvenci (příp. ID). 

Na základě "architektury" proteinu lze předpovědět jeho funkci nebo identifikovat významné pozice (aminokyseliny), které jsou důležité pro katalytickou aktivitu apod.

Zde jsou odkazy na různé nástroje a databáze:

NCBI/CD

SMART (umožňuje zvlášť identifikaci signálních peptidů)

EMBL/InterPro

(nepodporovaná Pfam)

Hledání signálních peptidů

Na základě sekvence proteinu lze předpovědět jeho lokalizaci, díky rozpoznání signálního peptidu na N-konci proteinu.

SignalP 

SMART (umožňuje zvlášť identifikaci signálních peptidů)

Predikce transmembránových úseků

Pro předpověď zda daný protein obsahuje transmembránové úseky existuje mnoho různých programů. Všechny vypočítávájí nejdříve profil hydrofobicity aminokyselin v dané sekvenci a poté s určitou pravděpodobností předpoví možné transmembránové úseky.

profil hydrofobicity: Expasy/ProtScale

predikce transmembránových úseků: TMHMM, Phobius,

 CCTOP, TopCons (oba kombinují výstup z více programů, odliší signální peptid)

tvorba obrázků: PROTTER

Hledání podobných proteinů

BLAST  (Basic Local Alignment Search Tool)

Hledá podobné sekvence z vybraných databáze pomocí krátkých "slov“ (sekvencí vytvořených ze zadané sekvence), s využitím „substituční matice“, která udává míru rozdílnosti aminokyselin v porovnávaných pozicích v zadané sekvenci a vyhledané sekvenci

NCBI/BLAST  návod použití (anglicky)

UniProtKB/BLAST