Špatně neděláte vlastně nic. Pouze R dělá něco, co asi nečekáte. Věc se má tak, že jakmile máte v modelu odebraný intercept (-1), tak R automaticky parametrizuje první zahrnutou kategoriální proměnnou pomocí dummy proměnných pro VŠECHNY kategorie (ono to někdy má dobrý důvod, zde však nikoliv). Tím vám tam vznikne druhý implicitní intercept (jeden už tam je od těch splinů), R na to přijde při odhadování a jednu nadbytečnou dummy proměnnou (pro poslední kategorii) si zase z matice modelu odebere. Tím vzniknou ty NA ve výstupu. Jinak je ale všechno správně (odhady ostatních koeficientů, std. chyby, deviance, ...). Takže stačí, když si za NA dosadíte u příslušného koeficientu nulu (která se neodhaduje) a vše je v pořádku.