Section outline

    • Vyhledávání aminokyselinových sekvencí

      Expasy / UniProtV%C3%BDst%C5%99i%C5%BEek%20%282%29.PNG

      Expasy je portál umožňující vstup do různých vědeckých databází a nástrojů z oblasti genomiky, proteomiky, systémové biologie atd.


      Uniprot V%C3%BDst%C5%99i%C5%BEek2.PNGje proteinová databáze obsahující ručně anotované záznamy v rámci Swiss-Prot databáze a automaticky anotované záznamy v rámci TrEMBL databáze.
      Anglický detailní průvodce:

      NCBI protein

      V%C3%BDst%C5%99i%C5%BEek%20%283%29.PNG"National Center for Biotechnology Information protein" je databáze obsahující aminokyselinové sekvence z mnoha zdrojů, umožňující vyhledávání na základě textových zadání (zkratek, přístupových kódů, celých názvů proteinů).

    • Ukázka formátu FASTA Page

    • Analýza vlastností proteinových sekvencí

      Predikce fyzikálně-chemických vlastností

      SMS suite: jednotlivé nástroje pro výpočet různých vlastností proteinové sekvence (Molekulová hmotnost, Izoelektrický bod, Statistika AMK složení, Výběr části proteinu)

      Expasy/ProtParam: umožňuje výpočet vícero různých vlastností proteinové sekvence.

      Predikce štěpení proteasami

      PeptideCutter je nástroj, který umožňuje simulovat štěpení proteinu vybranými proteasami.

    • shrnutí File
    • přednáška-2_2024 File
    • DU2: Vyhledávání proteinů Assignment
      Students must
      Mark as done