Section outline


    • Porovnání nukleotidových sekvencí

      Porovnávání sekvencí nukleotidových probíhá podobně jako u proteinů, jen s použitím odlišných substitučních matic. Především při porovnávání "nespojitých" sekvencí (mRNA vs gDNA) je nutné vzít v úvahu zavádění mezer, případně jejich prodloužení.

      Postačí nám k porovnání Multalin (přehledný barevný vystup), se změnou matice na DNA-5-0.

    • Př0:sekvence k porovnání Страница

    • TranslaceObr%C3%A1zek1.jpg

      =překlad nukleotidové sekvence v aminokyselinovou podle genetického kódu.

      SMS suite/ Translate → vhodné známe-li kde je čtecí rámec

      NCBI/ORFfinder → vhodné pro vyhledávání nejdelších „ORFů“

    • Př1:neznámá sekvence Страница
    • Př2:neznámá sekvence Страница

    • Identifikace neznámé sekvence

      BLASTn (prohledávání nukleotidových databází nukleotidovou sekvencí)

    • DNA sekvenování

      "Klasické" Sangerovo sekvenování (.scf, .abi, .ab1)

    • chromas Файл
    • Př3: neznámá sekvence .ab1 Файл

    • Identifikace "Kontaminace vektorem" neznámé sekvence

      VecScreen

      Odstranění "Kontaminace vektorem" neznámé sekvence

      SMS/Range Extractor

    • DU6 Задание
      Students must
      Mark as done
    • DU6-neznámá sekvence.ab1 Файл
    • Přednáška 6 -pdf Файл
      Students must
      Mark as done