Porovnávání sekvencí nukleotidových probíhá podobně jako u proteinů, jen s použitím odlišných substitučních matic. Především při porovnávání "nespojitých" sekvencí (mRNA vs gDNA) je nutné vzít v úvahu zavádění mezer, případně jejich prodloužení.
Postačí nám k porovnání Multalin (přehledný barevný vystup), se změnou matice na DNA-5-0.