Prohledávání databází obsahující typické sekvence/motivy, které vytváří určité strukturní motivy nebo domény. Program porovná všechny známé motivy zda se neobjevují s významnou shodou i v zadané sekvenci (příp. ID).
Na základě "architektury" proteinu lze předpovědět jeho funkci nebo identifikovat významné pozice (aminokyseliny), které jsou důležité pro katalytickou aktivitu apod.
Pro předpověď zda daný protein obsahuje transmembránové úseky existuje mnoho různých programů. Všechny vypočítávájí nejdříve profil hydrofobicity aminokyselin v dané sekvenci a poté s určitou pravděpodobností předpoví možné transmembránové úseky.
Hledá podobné sekvence z vybraných databáze pomocí krátkých "slov“ (sekvencí vytvořených ze zadané sekvence), s využitím „substituční matice“, která udává míru rozdílnosti aminokyselin v porovnávaných pozicích v zadané sekvenci a vyhledané sekvenci