Section outline

    • Základy praktické bioinformatiky

      volitelný předmět

    • doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D.

    • cíle kurzu

      Cílem kurzu je naučit se základní operace s bioinformatickými daty, především genovými nebo proteinovými sekvencemi, jejich získání z databází ve správném formátu, porovnání, hledání podobností apod.

    • Organizace

      Absolvování kurzu:

      zápočet

      (při prezenční výuce - účast: 8/10)

      "domácí úkoly": plnění úkolů (DU) zadaných v každé lekci z probrané tématiky(vyhledávání sekvencí, narhování primerů apod..)

      zkouška

      "písemná" u počítače-vypracovat soubor úkolů (2 sady 5 otázek)

    • Modelové zpracování DÚs z 2021 File

      Toto jsou ukázkové domácí úkoly vypracované T. Gazárkovou.

    • Oznámení Forum

    • Literatura

      Applied bioinformatics - An introduction, P. Selzer, 2018

      Úvod do praktické bioinformatiky, F. Cvrčková, 2005 - trochu zastaralé

      Bioinformatics for dummies, J.M. Claverie, C. Notredame, 2007

      Knowledge Discovery in Bioinformatics, X. Hu, Y. Pan, 2007

    • rozvrh_2024 Page
      Students must
      Mark as done

    • Seznam témat

      1. Vyhledávání informací / literární rešerše

      2. Proteinová bioinformatika I - sekvence, vlastnosti, štěpení

      3. Proteinová bioinformatika II - domény, TM úseky, BLAST

      4. Proteinová bioinformatika III+shrnutí I - porovnání sekvencí, 3D

      5. Nukleotidová bioinformatika I - sekvence, vlastnosti

      6. Nukleotidová bioinformatika II - translace, identifikace, sekvenování

      7. Nukleotidová bioinformatika III - klonování, RE štěpení, primery

      8. Nukleotidová bioinformatika IV - primery s vloženými RE místy, primery pro qPCR, sekundární struktura RNA

      9. Nukleotidová bioinformatika V - primery pro mutagenezi, mikroRNA

      10. Shrnutí, opakování, příklady

      11. Zkouška 2023