Dobré dotazy.
Ad 1. Většinou se pro poznámky pod čarou užívá ještě menší velikost, nejčastěji 8 (je-li hlavní text psán 12), maximálně 9. Ale odvíjí se od fontu a velikosti hlavního textu.
Ad 2. Ano, musíte. Každý grafický prvek v práci by měl být očíslovaný (buď jedna číselná řada, nebo zvlášť podle typu - grafy, tabulky, schemata), pojmenovaný a měl by přímo u něj být uveden zdroj, a to i v případě, že je to vaše vlastní práce. U grafů nezapomeňte na popisky os, pojmenování řad a údaj o celkových počtech případů.
Ad 3. Ne, naopak bych to nedoporučovala, je to anachronismus. V současné době to již nedává smysl. Maximálně můžete rozlišovat zdroje a data, ale ani to není rozhodně nutné (Dává např. smysl oddělovat legislativu v případě, že pracujete s velkým množstvím norem, ale pokud odkazujete na dva zákony, dejte je do seznamu k ostatními zdrojům).
Ad 4. Ano, platí pro kapitoly prvního řádu, pro podkapitoly již ne.
Pokud budete tisknout oboustranně, měla by správně každá kapitola prvního řádu začínat na pravé (liché) straně, tj. může se tam občas vyskytnout prázdná strana. Ale to už je trochu pro fajnšmekry, u bakalářky nikdo nebude řešit, když to tak nebude.
Jinak část nebo možná i všechny odpovědi najdete i ve některém ze dvou materiálů, které máte na Moodle: prezentaci k formálním náležitostem z loňska a materiálu Formální úprava akademického textu, který jsem vytvořila pro kurz Úvod do akademické práce. Tak na ně znovu upozorňuji, i když to rozhodně neznamená, že se nemáte doptávat :-).